Ngay khi cuộc cách mạng nổ ra, cả các lực lượng cách mạng Hy Lạp lẫn nhà cầm quyền Ottoman tiến hành các cuộc tàn sát trên quy mô lớn. Quân cách mạng tàn sát người Hồi giáo cư ngụ tại bán đảo Peloponnese và vùng Attica, nơi các lực lượng Hy Lạp chiếm ưu thế. Ngược lại, người Thổ tàn sát rất nhiều người Hy Lạp, đặc biệt là vùng Ionian (ở tiểu Á), đảo Crete, Constantinopolis và quần đảo Aegean, nơi quân cách mạng yếu hơn. Trong số những vụ tàn sát ghê tởm nhất phải kể đến cuộc tàn sát ở Chios, cuộc tàn phá Psara do quân Thổ tiến hành, cuộc thảm sát người Thổ và người Do Thái sau khi Tripolitsa thất thủ cũng như cuộc tàn sát ở Navarino, khi người Hy Lạp không tha mạng cho bất kỳ ai dù già trẻ, trai gái. Harris J. Booras và David Brewer cho rằng những cuộc tàn sát do người Hy Lạp tiến hành để trả đũa cho những vụ thảm sát người Hy Lạp trước đó (như vụ thảm sát người Hy Lạp ở Tripoli, sau khi "Đội Thần binh" bị tiêu diệt)[23][24]. Tuy nhiên, theo các sử gia W.Alison Phillips, George Finlay, William St. Clair và Barbara Jelavich thì các cuộc giết chóc đã diễn ra ngay khi cách mạng bùng nổ[25][26][27][28].

Rất nhiều giáo sĩ Kitô giáo bị sát hại, kể cả Đức Thượng phụ Đại kết (Ecumenical Patriach) tại Constantinopolis và tối thiểu một trăm ngàn thường dân Hy Lạp, hàng vạn người khác bị bắt và bị bán làm nô lệ. Cộng đồng người Thổ và người Albania theo Hồi giáo sống tại Peloponnese bị người Hy Lạp xóa sổ hoàn toàn, có từ 15 ngàn cho đến 40 ngàn người bị giết, cộng đồng người Do Thái cũng bị tàn sát bởi người Hy Lạp. Sự giết chóc người Hồi giáo cũng xảy ra ở một số vùng khác, nhưng với quy mô nhỏ hơn. Những cuộc tàn sát của người Hy Lạp khiến cho những người Thổ, Albania theo Hồi giáo và người Do Thái cư ngụ tại Peloponnese phải chạy nạn, rời bỏ nhà cửa và bán đảo Peloponnese mãi mãi. Những nhân sỹ châu Âu thuộc hội ái hữu Hy Lạp như họa sĩ Eugene Delacroix và thi sỹ, Huân tước Byron khuyến khích việc tố cáo tội ác dã man của quân Thổ, làm dấy nên phong trào ủng hộ Hy Lạp mạnh mẽ và rộng khắp trên toàn Âu châu, khiến cho cuối cùng các cường quốc Anh, Pháp và Nga phải tiến hành can thiệp, là yếu tố quyết định thắng lợi cách mạng Hy Lạp.